La qualité de l’eau est un critère d’évaluation du bon état des cours d’eau, elle détermine la croissance et la survie des poissons migrateurs et peut être altérée par les pollutions chroniques ou accidentelles et par la dégradation de la morphologie des cours d’eau.
Les eaux côtières sont majoritairement en bon état ou très bon état (79%) en intégrant les nouveaux indicateurs (72% pour l’évaluation de l’état 2013).
Seuls 40% des masses d’eau en transition sont classées en bon état écologique (contre 60% dans l’état des lieux 2013). Le Sdage fixe l’échéance de bon état à 2015 pour 77% d’entre eux.
Environ 24% des cours d’eau sont en bon état écologique pour l’évaluation de l’état des eaux 2017, sans évolution significative à l’échelle du bassin, depuis 2007 (Objectif : 61% en 2015).
Dans le bassin Loire-Bretagne, l’avis de l’ANSES de 2010 est prolongé par des arrêtés préfectoraux en aval de la Loire, sur l’Indre et la Vienne.